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Time series analysis of cholera in Guinea-Bissau, 1996-2008 (2009)

Authors/Organisations: Luquero, F. /Epicentre, UNICEF, USAID

Year: 2009

Country: Guinea Bissau


Comp et7In July 2008, the government of Guinea Bissau officially declared a cholera epidemic and put in place a response plan. As there is often an inter-epidemic period after a large outbreak such as this, it is important to take the opportunity to learn lessons from previous outbreaks to better assess risks in the future. Analysis of available historical data on cholera epidemics in Guinea Bissau can help develop a statistical model for risk assessment. Use of these models can help to ensure that there is a timely response of cholera outbreaks, thereby avoiding geographic spread, by identifying “signals” or indicators of when an outbreak is likely to occur or to predict the magnitude of an outbreak in an early stage.

The general objective of this study was to implement a time series and a spatial analysis in order to help to the timely identification of cholera outbreaks adapted to each region of Guinea Bissau. The specific objectives of the study were (i) to describe the historical cholera data and epidemics in Guinea Bissau identifying long term trends and the seasonal pattern; (ii) to obtain a predictive model of the seasonal risk of finding cholera cases in each region of the country; (iii) to calculate a threshold to detect epidemics with potential to affect more than 0.5% of the population.

This study highlights that there is not a long-term trend in the occurrence of cholera epidemics in the country over the period investigated. On the contrary, there is a seasonal pattern of cholera: the risk of occurrence of cholera cases increases from April and is maximum in mid-September. There is a spatial pattern of cholera incidence in Guinea Bissau: the most affected areas are the capital (Bissau), Biombo region and the Bijagos Islands. Other areas highly affected are São Domingos, Nhacra in Oio, Tite in Quinara and Bedanda and Catio in Tombali. This analysis provides enough elements to create a decision framework to define situations that lead to high burden epidemics.

Finally, the study formulates key strategic and operational recommendations to enhance preparedness, cholera prevention and control in case of an outbreak.  

En juillet 2008, le gouvernement de Guinée Bissau a officiellement déclaré une épidémie de choléra et a mis en place un plan de riposte. Après un épisode épidémique aussi important, il est toujours fort utile de saisir la première opportunité lors de la période inter-épidémique, pour tirer les apprentissages et les leçons, afin de mieux répondre au risque dans le futur. L’analyse faite des données rétrospectives sur les épidémies de choléra en Guinée Bissau a notamment permis de développer une modélisation statistique pour l’évaluation des risques. L’utilisation de ce type de modélisation peut en effet permettre d’améliorer la rapidité de la réponse en cas d’épidémie et ainsi prévenir une expansion géographique, via l’identification de « signaux » ou d’indicateurs précurseurs d’une potentielle arrivée d’épidémie ou permettant de prédire la magnitude des flambées dans les premiers temps.

L’objectif général de cette étude a été de développer une analyse spatiale et temporelle afin d’identifier temporairement les flambées de choléra à travers chaque région de Guinée Bissau. Les objectifs spécifiques ont été (i) de décrire les données rétrospectives et les épidémies en Guinée Bissau, mettant en évidence les tendances et le profil saisonnier ; (ii) de créer une modélisation prédictive du risque de trouver des cas de choléra dans chaque région du pays en fonction des saisons ; (iii) de calculer le seuil pour détecter les épidémies pouvant affecter potentiellement plus de 0,5% de la population.   

Cette étude a mis en évidence qu’il n’y a eu pas de tendance sur le long terme de survenue d’épidémies de choléra dans ce pays, pendant la période investiguée. Au contraire, les épidémies ont un caractère de survenue saisonnier :  le risque de flambée est plus important à partir d’Avril et a son apogée à mi-septembre. Il y a un profil épidémiologique géographique singulier : les zones les plus affectées sont la capital (Bissau), la région de Biombo et les îles Bijagos. Les autres zones fortement affectées sont São Domingos, Nhacra dans la région d’Oio, Tite dans Quinara et, Bedanda et Catio à Tombali. Cette analyse a fourni un nombre suffisant d’éléments permettant d’identifier précisément les contextes et situations conduisant à de fortes incidences épidémiques.

Enfin, l’étude a formulé des recommandations stratégiques et opérationnelles clefs pour améliorer la préparation, la prévention et la riposte aux flambées de choléra lors d’épidémie. 

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